Für den Weltenbummler Willi steht eine besondere Reise bevor, bei der es um faszinierende Wesen geht: die bunte Welt der Amphibien. Überredet dazu haben ihn die 11-jährige Luna und deren Oma, eine Biologin. Durch sie erfährt Willi von der Wunderkröte Bufo Magicus, die ihre Gestalt ändern kann. Willi macht sich auf zu einem abenteuerlichen Trip um die halbe Welt, in dem sich alles um das mysteriöse Tier und seine Artgenossen dreht.
Der Film vermittelt Wissen ebenso kindgerecht wie sorgfältig und verfügt über reichlich Humor sowie allerlei skurrile Nebenfiguren. Außerdem stellt er kluge Fragen rund um Themen wie Artenerhalt, Naturschutz und umweltbewusstes Handeln.
In WILLI UND DIE WUNDERKRÖTE bringt Willi einem jungen Publikum nicht nur die Bedeutung der (realen) Amphibienwelt nahe, sondern es wird auch die fiktionale Geschichte eines Mädchens erzählt, das sich nicht einschüchtern lässt, für eine Sache kämpft und mit ihrer Überzeugungskraft und ihrer Hartnäckigkeit ihre Dorfnachbarn zu überzeugen versucht. Luna steht damit für eine Generation von Kindern & Jugendlichen, die sich früh für ökologische Belange einsetzen und die Erwachsenen mahnen, mit der (Um)Welt sorgsamer umzugehen.